確かに
(Interface and Gateway Load Balancer endpoints) The IDs of the subnets in which to create endpoint network interfaces. For a Gateway Load Balancer endpoint, you can specify only one subnet.
って書いてあるし、実際インターフェイスVPCEを作成するとENIが作られている。ENIはサブネットと紐づいている。VPCEのサブネットを(Terraformで)別のものに差し替える(ModifyVpcEndpoint)と、既存ENIが削除されて別のサブネットに紐づいた新しいENIが作成される。
