Aurora only performs the automatic upgrade if all DB instances in your cluster have this setting turned on. The setting for automatic minor version upgrade at the DB cluster level doesn't override the settings for the DB instances in the cluster.
日本語版には記載がないけれど、全インスタンスに自動アップグレード有効化しないとクラスターのアップグレードは自動で行われないらしい。