バックアップを取るときは、mysqldumpを使うこと。ユーザー権限での実行でよい。
% mysqldump -u root db > test.sql
因みに
% mysqldump -u root db > ~/test.sql
とすることで、場所も指定出来る。
なお、
MySQLのDBのバックアップと圧縮 - by shigemk2
にもあるように、
% mysqldump -u root -p db | bzip2 > test.sql.bz2
でバックアップを取り、かつbz2に圧縮することも可能である。
パイプを使おう。