@mapk0y ありがとうございます。意図したとおりに動きました。キーワードはdocker-entrypoint-initdb.dでした。
— shigemk2 (@shigemk2) 2016年3月18日
ポイントは、docker-entrypoint-initdb.dに.shや.sqlファイルを置くと、コンテナが出来上がった後にそれらのスクリプトが実行されること。
DockerのOfficial imageのMySQLを使って初回起動時にカスタムSQLを実行させるmistymagich.wordpress.com