ああ、こういうことなのね。
command line - How to get pngcrush to overwrite original files? - Ask Ubuntu
$ for file in *.png ; do pngcrush "$file" "${file%.png}-crushed.png" && mv "${file%.png}-crushed.png" "$file" ; done
forでぐるぐる回しつつ、pngcrushで別ファイルに吐き出してmvでリネームして元に戻す、というシェル芸。