gitのsubmoduleに変更を加えるとdiffが生じるのを無視する - Qiita [キータ]
[submodule "elisp/auto-complete"] path = elisp/auto-complete url = git://github.com/auto-complete/auto-complete.git ignore = dirty
ignore=dirty
と書くと、submoduleに変更が加わっても変なdiffが出ない。
なお、これをデフォルトにする方法はないようだ。
How to make git ignore changes to submodules by default - Stack Overflow