stopはインスタンスを止めるだけだが、 terminateはインスタンスのデータを消去してからインスタンスを止める。
#04 仮想サーバーの詳細を確認しよう | Amazon Web Services入門 - プログラミングならドットインストール
追記
terminateはインスタンスの削除です。 一旦terminateするとstartも出来なくなります。
[Amazon EC2] インスタンスを削除する - インスタンスのターミネイト(終了)
なお、terminateするにはchange terminate protectionを変更しないといけんです。
