多次元配列でarray_uniqueを使う

結論から言うと、出来ます。

<?php
$a = array(
   array(1,2,3),
   array(1,2,3),
   array(4,5,6),
 );
print_r($a);
 print_r(array_unique($a, SORT_REGULAR));
?>

Array
(
    [0] => Array
        (
            [0] => 1
            [1] => 2
            [2] => 3
        )

    [2] => Array
        (
            [0] => 4
            [1] => 5
            [2] => 6
        )

)

この通り。
第二引数にSORT_REGULARを使うのがキモです。