ブランチで以下のコマンドを打つと、エディタが開き、そこで適当な文章を入れると、ブランチからmasterへpull requestが出せます。
$ hub pull-request
hub/pull_request.go at aa4611dd9add76b1facda9906fcdf8078a2e89e6 · github/hub · GitHub
しかも、もとのブランチがforkしたリポジトリなら、いい感じでfork元のリポジトリにpull-requestを投げてくれます。なお、デフォルトではmasterに投げようとするので、別のブランチに対してpull requestを投げたいのであれば、bオプションでブランチを指定できます。といったことがソースコードに書いてあるのでした。