IntelliJでPlayFramework(Scala)のリポジトリをactivator runしようとしたらば、自分も似たようなトラブルに見舞われました。
play.PlayExceptions$UnexpectedException: Unexpected exception[BootException: Cannot redefine component. ID: compiler-interface-bin_2.11.6__52.0, files: xxxxxxxxxxxxxxx
Jです。IntelliJのトラブルです。