レジストリとは、Windowsの設定情報が集められたファイルの事です。ハードウェアの設定情報からインストールされているアプリケーションの設定情報、ユーザーごとの固有情報に至るまで、Windowsの全ての情報がこのファイルに収められています。
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なので、ログイン時の動作とか、Emacs使いは必須のCaps Lockとcontrlキーの入れ替えとか、そういうのをレジストリをイジることで変更できる。
ただし、設定を間違えるとマシンが壊れたまま復旧できなくなる虞れがあるため、大きな会社とかだとレジストリをイジるのに許可が必要だったりする。