一度PR出したら取り込み先のブランチとか取り込んで欲しいブランチとかは指定できない

まあ当たり前といえば当たり前なのか。

勿論、PRを出す前は取り込み先のブランチも取り込んで欲しいブランチも指定できる。
必ずしも取り込み先のブランチをmasterのみに限定する必要はない。