sbt Reference Manual — Command Line Reference
sbtでrunを実行する場合に、クラスが複数あると「どれを実行したいのか?」を聞かれることがあります。
> run [warn] Multiple main classes detected. Run 'show discoveredMainClasses' to see the list Multiple main classes detected, select one to run: [1] FoldLeft1 [2] Eq [3] YesNoTypeClass
このあと毎回数字を入力するのは面倒なので、どのクラスを実行するかを指定したい場合は、runMainを使うとよろししいです。
> runMain Eq